南京公积金封存的操作方式分为线上和线下两种：

线上办理：

单位经办人可以登录南京住房公积金网上办事大厅（http://www.njgjj.com），在“归集业务”中选择“个人封存”。录入方式有两种：

1. 手工逐条录入：点击“添加”后录入需要封存的职工账号，再点击“保存”。
2. 批量导入：点击“导出”批量报盘格式，根据报盘格式内容进行填写并点击“导入”进行批量数据上传。点击“浏览”，选择需要导入的文件，然后点击“提交”。提交数据并打印《南京住房公积金个人账户封存清册受理回执》后，再点击“提交”即完成个人账户封存业务。

已领取住房公积金CA证书的单位，也可以通过上述网上办事大厅的“个人封存”菜单办理。

线下办理：

单位经办人需要携带《南京市职工社会保险关系变动申报表》、经办人身份证、单位公章至单位缴存银行办理个人账户封存业务。

请注意，无论是线上还是线下办理，都需要确保所提交的材料齐全、真实有效，并按照规定的流程进行操作。如有任何疑问或遇到困难，建议及时联系南京住房公积金管理中心进行咨询或寻求帮助。